Esta catedral, la Catedral de Santiago de Compostela y la Iglesia de San Pedro en el Vaticano, son las tres únicas iglesias construidas sobre la tumba de un apóstol. Fue erigida originalmente en 1504 y reconstruida en 1893.

Se cree que Santo Tomás, llegó a Madrás procedente de Palestina en el año 52, en misión evangelizadora, y que permaneció aquí hasta el momento de su muerte en el año 72.

Fue enterrado cerca del mar, en Mylapore, donde se construyó una pequeña capilla, que fue visitada por Marco Polo durante su viaje a Asia.

Con el paso del tiempo esa capillita se convirtió en esta magnífica estructura neogótica. En una gruta, los restos del santo reposan en el interior de un ataúd de plata.

En los jardines de la catedral se encuentra Mylai Matha, una pequeña estatuilla de Nuestra Señora de Mylapore, traída por San Francisco Javier, y frente a la que dicen solía rezar durante largas horas.

Mucha gente cree que cuando llego el tsunami de 2004, la iglesia se salvó gracias al poste de St. Tomás. La leyenda dice que el santo clavó este poste como marca para evitar que el mar inundara la arena, protegiendo así la vida de la gente que vivía cerca de la orilla.